El nuevo gabinete no difería mucho, en su tonalidad ideológica del gobierno de Ramírez. Sin duda, reflejaba más la orientación de los sectores mayoritarios del Ejército que las opiniones del coronel Perón, que se conformaba, al respecto, con seguir la corriente. La democratización del régimen, que parecía anunciarse, no prosperó. No se tomó ninguna de las medidas complementarias a la ruptura de relaciones diplomáticas con los países del Eje. No se introdujeron prácticamente cambios en la política exterior de la Argentina.

Se produjo una importante reestructuración ministerial que llevó a los puestos con poder de decisión a notorios nacionalistas, que se sumaron así a los que conservaban sus cargos, como el general Perlinger en Interior y el general Pistarini en Obras Públicas. En el Ministerio de Justicia e Instrucción Pública se pasó del tradicionalismo ultramontano al falangismo, con Alberto Baldrich y el subsecretario Silenzi de Stagni. El general Orlando Peluffo, neutralista inflexible y germanófilo ferviente, recibió, por su lealtad y su experiencia en misiones secretas en el extranjero, la cartera de Relaciones Exteriores. Mientras tanto la oposición denunciaba la dictadura nazifascista y Perón hacía su juego tomando distancia de los nacionalistas sin llegar a oponérseles.

El 6 de julio de 1944, Perón, seguro de su crecimiento, lograría defenestrar a su principal rival dentro del gobierno, el general Perlinger cuando propuso que se llenase la vacante de vicepresidente, cargo acéfalo desde febrero. La votación de oficiales de la asamblea de oficiales convocada por Perón obviamente favoreció al coronel sobre el general, aunque por un margen reducido. El 8 de julio Perón fue nombrado vicepresidente y el 10 del mismo mes pronunció su primer discurso político. Con sus cargos de vicepresidente, ministro de Guerra y secretario de Trabajo y Previsión, Perón estaba en la cumbre del poder. Pero le resultaba indispensable conseguir amplio apoyo popular.

El coronel Perón cuidaba su imagen desde que había sido nombrado en el Departamento del Trabajo. Caluroso, directo y familiar, quien sería bautizado más adelante como "el hombre con una sonrisa siempre en los labios" sabía emplear sus cualidades personales. Acogedor con los sindicalistas, protector y atento con los humildes, el paternalismo que empleaba con ellos era militar: parecía el padre del regimiento a nivel de toda la nación. Y sería la catástrofe nacional ocurrida a partir del terremoto de San Juan la que lo haría conocido por todo el país, organizando la ayuda a los damnificados. Allí también iniciaría su relación sentimental con Eva Duarte.

Con el correr de los meses los nacionalistas continuarían perdiendo terreno. En lo que hace a la política exterior, las victorias aliadas impulsaban a los Estados Unidos a mantenerse inflexibles respecto de la Argentina. El secretario de Estado norteamericano no dudó en afirmar ante el mundo que la Argentina era el cuartel general del nazismo en el continente. Peluffo renunciaría hacia fines de diciembre, arrastrando con él a sus asesores nacionalistas. Era hora de rendirse a la evidencia y finalmente, el 27 de marzo de 1945 declaraba la guerra a Alemania y Japón, cuyas fuerzas moribundas capitularían sin condiciones el 8 de mayo y el 10 de agosto. Los nacionalistas vencidos se retiraron demostrando su indignación o discretamente, fueron convirtiéndose a la ideología que nacía: el peronismo, única alternativa viable luego del fracaso del nacionalcatolicismo y del neofalangismo.

Tanto los amigos como los enemigos del régimen dictatorial de Farrell reconocieron que esta declaración de guerra en vísperas del derrumbe de Alemania carecía de valor real. De todos modos, aparentemente se suscitaron agudas divisiones en el seno del Ejército; y en los días que precedieron a la sanción del decreto, se celebraron reuniones de oficiales en Campo de Mayo y en el Círculo Militar para discutir el problema, mientras los grupos de civiles nacionalistas realizaban manifestaciones y pedían la cabeza de Perón. En definitiva, el oportunismo prevaleció sobre el orgullo nacionalista.

El cambio de actitud internacional pareció ofrecer a Perón la oportunidad de conquistar el apoyo de muchos que antes se habían opuesto al régimen. Los profesores secundarios y universitarios exonerados en 1943 a causa de sus opiniones fueron invitados a reintegrarse a sus cátedras, y en febrero se autorizó el restablecimiento de la autonomía universitaria. Pero la situación hostil no cesaría. A pesar de que en abril Perón procuró explotar el estado de guerra como argumento para promover la unidad nacional y atenuar las pasiones políticas, el ritmo de la oposición civil al régimen en general y al de Perón en particular cobró mayor intensidad en las semanas siguientes. El gobierno de Farrell abandonaría su política de guante blanco con la oposición, reemplazándola con una áspera represión.

En los meses sucesivos, muchos sectores de la clase media -políticos, intelectuales, profesionales y empresarios- incrementarían la presión sobre el gobierno, reclamando el retorno al régimen constitucional. En vista de estas demandas, el presidente Farrell aprovechó el banquete anual de las Fuerzas Armadas, celebrado a principios de julio, para anunciar que "antes de finalizar el año se convocará al pueblo a elegir sus autoridades". En el mismo discurso aseguró al país que no era su intención imponer a determinada figura para ocupar la presidencia: "No estamos fabricando sucesiones... He de hacer todo cuanto esté a mi alcance para asegurar elecciones completamente libres, y que ocupe la primera magistratura el que el pueblo elija. Repito: el que el pueblo elija. Y anticipo que no expondré a las fuerzas armadas al a crítica de haber participado en fraude alguno".

Tal garantía pronto perdería sentido cuando Perón no ofreció ningún indicio de que pensaba renunciar a sus cargos en el gobierno. Por el contrario, comenzó a adoptar cada vez más explícitamente actitudes propias de un candidato. El 12 de julio una comisión intersindical patrocinó una enorme asamblea obrera en el centro de la ciudad, ostensiblemente "en defensa de las mejoras obtenidas por los trabajadores por intermedio de la Secretaría de Trabajo y Previsión". Dos semanas más tarde, una asamblea de dos mil presuntos "soldados auténticos del yrigoyenismo", en Parque Retiro, proclamó la consigna: "Perón presidente". Después de la asamblea, seiscientos participantes marcharon por las calles bajo la protección de la policía, en dirección al departamento de Perón, y allí le pidieron que hablase. Perón accedió. Ni el más ingenuo de los oficiales militares podía dudar de que Perón era un candidato activo.

La comprensión de este hecho sin duda contribuyó al malestar que se difundió paulatinamente en las filas de los oficiales a medida que transcurría el mes de julio, y que reflejaba en la agudización de las críticas, y aun en actitudes conspirativas. En realidad, en el caso de los oficiales retirados, dichas actividades en cosa antigua, y casi se habían convertido en un modo de vida. Más aún, es posible identificar por lo menos dos sectores distintos: los antiguos partidarios de Justo, cuya posición favorable a los Aliados y cuyo compromiso con las tradiciones liberales habían determinado que se separasen del gobierno revolucionario desde los primeros meses; y los nacionalistas de derecha, que habían intentado infructuosamente detener el ascenso de Perón desde el gobierno mismo. Las figuras principales del grupo nacionalista fueron dos antiguos líderes del GOU, los coroneles (R) Emilio Ramírez y Enrique P. González, y dos ex ministros del gabinete, el almirante Benito Sueyro y el general (R) Alberto Gilbert.

Pero el primer intento serio de separar del gobierno a Perón no fue iniciado por los oficiales del Ejército, sino por el alto mando de la Marina argentina. En su carácter de asociado menor en el gobierno, con escasa influencia sobre su política, a pesar de la frecuenta afirmación del Presidente de que hablaba en representación de las dos fuerzas armadas, la Marina había mirado con creciente inquietud los actos arbitrarios del gobierno, y sobre todo los esfuerzos de Perón para promover sus propias aspiraciones electorales. Después de una reunión con el ministro de Marina, el 28 de julio, el jefe del Estado Mayor Naval, almirante Héctor Vernengo Lima, acompañado por otros nueve almirantes, presentó tres reclamos básicos; la celebración inmediata de elecciones; que ningún miembro del gobierno realizase propaganda política en beneficio propio; y que no se pusieran los recursos del gobierno a disposición de ningún candidato. Al día siguiente Farrell convocó a una asamblea de generales y almirantes para discutir la situación política general, y después de varias horas fue posible formular una posición común. El documento en cuestión, que llevaba la firma de once almirante y veintinueve generales, no se declaraba a favor ni en contra de ningún candidato presidencial, pero reclamaba la reorganización del gabinete y la renuncia voluntaria de cualquier funcionario que proyectase ser candidato, o de quien, sobre la base de las circunstancias, pudiese afirmarse que tenía ese propósito. Perón no sólo no renunciaría, sino que aprovechando la renuncia forzada del contralmirante Teisaire avanzaría sobre la estructura del gobierno con la incorporación de los radicales Hortensio Quijano en el ministerio del Interior, Armando Antille como ministro de Finanzas, y Juan Cooke como ministro de Relaciones Exteriores. A pesar de la inmediata réplica del Comité Nacional de la UCR -que procedió a la expulsión de dichos hombres- era evidente que el proyecto de Perón incluía la posibilidad de acrecentar su base de sustentación con una parte del radicalismo.

El fracaso de los almirantes y los generales en sus esfuerzos por imponer la renuncia de Perón fue el preludio de una intensificación de las actividades opositoras de los grupos civiles. En el mes de agosto se intensificó la división entre el gobierno de Farrell y ciertos sectores de la clase media: una tras otra, las asociaciones universitarias, profesionales y empresarias reclamaron la cesación del gobierno y la transferencia de sus atribuciones a la Suprema Corte. Ni siquiera la suspensión del estado de sitio, ordenada a principios de agosto por el nuevo ministro del Interior Quijano pudo detener el movimiento hacia un enfrentamiento decisivo. 

Con el fin de crear una dirección unificada de la causa antiperonista, se creó la Junta de Coordinación Democrática, apoyada por todos los partidos políticos tradicionales, de los conservadores a los comunistas. la Unión Cívica Radical, cuyas diferentes fracciones no coincidían en la necesidad de la acción conjunto, aceptó participar sólo a fines de agosto, si bien su sector intransigente -identificado con el cordobés Amadeo Sabattini, continuó distanciado del movimiento. Hacia fines de agosto la junta se esforzó sobre todo por obtener la cooperación de oficiales del Ejército y la Armada para realizar un movimiento cívico-militar antiperonista. Las conversaciones entre miembros de la Junta, algunos de los cuales tenían parientes en las Fuerzas Armadas, y el personal militar, revelaron la disposición de muchos oficiales a participar. Algunos, como el general Arturo Rawson, no tenían mando de tropa pero estaban dispuestos a actuar, especialmente si podía organizarse primero un gran pronunciamiento civil contra el régimen. El 19 de septiembre, más de 250.000 argentinos; fundamentalmente de la numerosa clase media de la Capital Federal, desfilaron para expresar su repudio a Perón y reclamar el fin del régimen de Farrell.

Sin embargo, la falta de homogeneidad de la oficialidad del Ejército, no favorecería los planes del conglomerado antiperonista, Mientras el general Rawson, como muchos oficiales navales, aceptaban el reclamo de transferir el poder presidencial a la Suprema Corte, ese no era el objetivo de la oficialidad antiperonista de la Escuela Superior de Guerra o de los jefes de las unidades de la guarnición de Campo de Mayo. Estaban dispuestos a eliminar a Perón, pero apoyaban el mantenimiento del general Farrell hasta que pudiese elegirse un nuevo gobierno.

Luego de un abortado intento de golpe, con asiento en una dependencia militar de Córdoba, y promovido por el general Rawson, Perón optó por profundizar sus esfuerzos para consolidar su posición política  a través de un esquema simultáneo; por un lado, pronunciando discursos y adoptando medidas destinadas a acentuar la lealtad de las masas trabajadores; por otro lado aplicando medidas represivas dirigidas contra sus enemigos políticos. El 26 de septiembre se restableció el estado de sitio, y en los días siguientes hubo una ola de arrestos de opositores. El desprecio visceral hacia la figura de Perón, independientemente de su crecimiento político, sería una constante que lo acompañaría a lo largo de su vida política. El 9 de octubre, por azar, salvaría su vida de un atentado perpetrado en Campo de Mayo. La tensión entre el coronel Perón y el vocero de los jefes de regimiento de dicha guarnición, el general Eduardo Avalos se profundizaría. Y ello no solamente por el fallido intento, sino además como consecuencia de la necesidad de Perón de deshacerse de un hombre que a lo largo de dos años había sido comandante de Campo de Mayo y, por tanto, con tiempo y espacio suficiente como para crear una red de vínculos de lealtad personal entre los jefes de los regimientos.

Por otra parte, la crisis aumentaría como consecuencia de la designación política de Oscar Lorenzo Nicolini, un amigo de Eva Duarte, como director de Correos y Telecomunicaciones, y ampliamente denostado por dicho grupo opositor.

Luego de intensos momentos, el 13 de octubre por la tarde, el general Avalos, haría detener al vicepresidente. El coronel Perón fue deportado a la isla Martín García bajo vigilancia de la marina de guerra. En dicha escalada, se volvía a la hipótesis de entregar el gobierno a la Suprema Corte en una situación de franco golpe. Comenzaba el proceso histórico conocido como el "17 de octubre".

Los sectores populares seguían atentamente el desarrollo de los acontecimientos políticos. Los sindicatos y los trabajadores poco politizados tomaron la decisión como contraria a sus intereses, con lo cual el Comité Central Confederal de la CGT decidió declarar una huelga de advertencia para el 18 de octubre, con el objeto de manifestar su total oposición a entregar el gobierno a la Suprema Corte y a la formación de un "gabinete de la oligarquía". Los colaboradores directos del coronel Perón junto con el coronel Domingo Mercante y grupos de choque sindicales, particularmente los del sindicato autónomo de la carne, a cargo del dirigente Cipriano Reyes en la localidad bonaerense de Berisso, iniciaron las acciones en el cinturón industrial del Gran Buenos Aires durante la mañana del 17: se convocaba a la huelga general y a una movilización masiva sobre la Capital Federal. Los obreros de los suburbios y de los barrios periféricos situados del otro lado del Riachuelo convergían hacia el centro de la ciudad, mientras la polícía, dirigida por gente allegada al destituido vicepresidente, no obstaculizaba la marcha. Mucho más, muchos policías uniformados, cansados de las escaramuzas cotidianas con los estudiantes opositores, expresaban una activa simpatía por los manifestantes. Las fuerzas del orden gritaban: "¡Viva Perón!".

El general Avalos, que sólo detentaba el poder en forma aparente, dubitativo y paralizado, se negó a tomar las medidas susceptibles de contener la movilización al sector céntrico porteño. El general Farrell, políticamente inexistente durante toda la crisis, sin embargo no había permanecido inactivo. Había logrado que su amigo Perón, que decía estar enfermo, fuera traído de nuevo a Buenos Aires para ser internado en el Hospital Militar.

La Plaza de Mayo resultó increíblemente colmada. La muchedumbre exigía la liberación de Perón, mientras abucheaba al general Avalos. Arrinconado frente a la circunstancias, trató de operar sobre Mercante para que calmara la multitud hostil. Pero Perón ya había triunfado. Sus emisarios inducían a la concurrencia a aclamar su nombre. Sólo él podía apaciguarlos y evitar que la movilización deviniera en un tumulto, con lo cual, se lo mandó a buscar. Horas después, luego de dictar condiciones, sugiriendo la conformación de un nuevo gabinete, Juan Domingo Perón aparecería en uno de los balcones de la Casa Rosada, ante el delirio colectivo de la concurrencia. De ahí en más el camino estaba allanado, más allá de los intentos opositores, nucleados en torno a la Unión Democrática y su estrecha vinculación con el subsecretario del Departamento de Estado norteamericano Spruille Braden.

Las elecciones fueron convocadas para el 24 de febrero. Perón derrotaría en elecciones limpias a la fórmula Tamborini-Mosca, de la Unión Democrática, y elegido presidente con 1.478.372 votos, contra 1.211.660 de dicha alternativa opositora. Comenzaba un nuevo proceso histórico en la República Argentina.