El general Juan Carlos Onganía asume como presidente de la autodenominada "Revolución Argentina" el 29 de junio de 1966. Centra su acción en la despolitización de las Fuerzas Armadas, implantando una autocracia militar apoyada por el poderoso sindicalismo, por grupos de gran poder económico e importantes sectores de la Iglesia, dada su vinculación activa en las filas cursillistas. Logra superar la división entre los hombres de armas -azules y colorados- existente desde la caída de Perón, ya exteriorizada en las crisis y planteamientos en los gobiernos de Frondizi e Illia. Gobierna sin el Congreso, sin partidos políticos, sin instituciones tradicionales establecidas por la Constitución Nacional o fuera de ella.

Sus palabras fueron la única doctrina a la que se ajustó. La "Revolución Argentina" no tuvo plazos sino objetivos sintetizados en tres etapas: "el tiempo económico", "el tiempo social", y, por fin, sin pensar en cronogramas, "el tiempo político", donde "comenzaría" a hablarse de la normalización constitucional. Los ocho ministerios fueron reducidos a cinco. Su primer gabinete estaba formado por hombres de actuación institucional católica, que eran además empresarios de la derecha social cristiana, nacionalista católica, pertenecientes, la mayoría, al Ateneo de la República.

El pleno ejercicio de la discrecionalidad, como consecuencia de su nula legitimidad, se desplegó en forma extraordinaria como consecuencia de su marcado anticomunismo, que  lo llevó a medidas arbitrarias que afectaron derechos y garantías individuales. En el gabinete, a Adalberto Krieger Vasena le correspondió como ministro de Economía conducir el desarrollo de la etapa económica, mientras Guillermo Borda, en el ministerio del Interior, controlaba ideológicamente, con el fin declarado de "aniquilar el pensamiento de izquierda comunista", la educación y los medios de comunicación. En economía se aplicó una fuerte devaluación y se acordaron con las grandes empresas el precio de los productos y la política cambiaria.

En 1968 hace su aparición el Movimiento de los Sacerdotes del Tercer Mundo y, desde 1969, los actos terroristas y las acciones guerrilleras aumentaron notablemente. En junio se decreta el estado de sitio, después de haberse producido el Cordobazo, acción del activismo sindical y estudiantil. El 30 de junio de 1969 muere asesinado el líder sindical metalúrgico Augusto Timoteo Vandor, y el 29 de mayo de 1970 es secuestrado y más tarde asesinado por el grupo extremista Montoneros (que junto con el ERP era uno de los grupos organizados más importantes) el general Pedro Eugenio Aramburu.

El 8 de junio, Onganía releva al comandante en jefe del Ejército, general Alejandro Agustín Lanusse. Los altos mandos desconocen su autoridad y se vuelve la Junta de Comandantes, destituyéndolos. Onganía redacta su renuncia. Designan la Junta compuesta por el general Alejandro Agustín Lanusse, el almirante Pedro José Gnavi y el brigadier general Carlos Rey, la cual designa como presidente al general Roberto Marcelo Levingston.